6·3 Pilkada kekurangan surat suara memicu konflik di Komite Penyelidikan Khusus. Partai Demokrasi dan Partai Kuat bersama berselisih mengenai jadwal penghitungan ulang. Partai Demokrasi mendesak penghitungan ulang pada 18 Agustus, sementara Partai Kuat menolak dengan alasan harus dikaitkan dengan investigasi khusus Komisi Pemilihan Umum (KPU). Akibatnya, Partai Kuat melanjutkan penyelidikan sendiri dan menyinggung masalah kesalahan input persentase pemilih serta mempertanyakan KPU. Terutama, Partai Kuat mengisyaratkan kemungkinan manipulasi jumlah pemilih oleh KPU. Sementara itu, Partai Demokrasi mengkritik Partai Kuat karena berusaha menunda penghitungan ulang.
