Gaji manajer Koperasi Desa/Kelurahan Merah Putih (KDKMP) akan ditanggung oleh Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN) selama dua tahun pertama operasinya. Setelah periode tersebut, pembiayaan gaji manajer akan dialihkan kepada masing-masing koperasi dari pendapatan usaha mereka. Skema penggajian ini diatur dalam Peraturan Presiden (Perpres) tentang Tata Kelola Koperasi Desa Merah Putih yang sedang difinalisasi. Pengelolaan koperasi lainnya, seperti pegawai, akan digaji dari pendapatan internal koperasi. Anggota koperasi akan mendapatkan keuntungan melalui pembagian sisa hasil usaha (SHU).
